Плохо читаете инструкции. Первые 2 слота PCI-Ex16

Цитата:
При этом в материнской плате когда вставляешь во второй слот PCI-E x16 скорость первого основного жёлтого слота снижается до х8, а должна же быть 16 (так и должно быть по инструкции)

Плохо читаете инструкции. Первые 2 слота PCI-Ex16 работают в двух режимах:
2 x PCI Express 3.0 x16 (x16+x0, x8+x8)

Т.е. на оба слота всего 16 линий. Как только что-то установили во второй - автоматом ополовинивается первый. На производительность сильно не влияет, если цель - игры, а не попугаи в тестах.
3-й слот PCI-Ex16 - всегда 4х (1 x PCI Express 2.0 x16@x4)
За работу 4 x PCI Express 2.0 x1 отвечает отдельный PCI-E мост PLX PEX8608. Если в этих слотах не работает ни одно устройство, то возможно проблема с ним самим, его обвязкой и питанием.
Bios не прошивался на более свежую версию?