Еще есть несколько линий питания южного моста: +1.05V,

Еще есть несколько линий питания южного моста: +1.05V, +1.5V, +3.3V.
Там часто вздуваются электролитические конденсаторы в импульсных регуляторах.


Хотя лучше, конечно, проверить пульсации осциллографом.

Теоретически может быть проблема с тактовым генератором - нестабильность
линии 48MHz, которая тактирует контроллер USB.
(подчеркиваю, речь о частичном отказе тактового генератора,
при полном его отказе не запустится плата).

Надо посмотеть, нет ли частично пробитых защитных диодов по цепям Data+, Data-
портов USB (в некоторых платах есть диоды между GND и цепями данных портов USB).
Понятно, что пробитый диод защитный приведет к неработоспособности
порта, к которому он подключен. Влияние пробитого диода в одном порте на работу
другого порта зависит от того, как драйвер обрабатывает ошибки портов.

В теории так, на практике, боюсь, что после выполненных проверок главный
подозреваемый - южный мост.