Либо имеются проблемы с выходным буфером

ProMetei писал(-а):
а SCLK - около 1,5?
Либо имеются проблемы с выходным буфером микросхемы, которая обеспечивает генерацию импульсов синхронизации, либо ваша [неуказанная] аппаратура не может адекватно работать с сигналами соответствующей частоты.

ProMetei писал(-а):
как вообще происходит процесс чтения содержимого флешки биоса
Как угодно.
Штатная "точка входа" (за исключением проверки режима, причем проверка режима будет выполняться в случае, если флешка подключена к ЮМ) - 7FFF0 для данной конкретной ситуации (4 Мбита, Non-Descriptor Mode).
Далее - в зависимости от прочитанного.