1. Посмотреть на другой плате эти видеокарты -

1. Посмотреть на другой плате эти видеокарты - в каком режиме PCI-Ex они реально работают. Любой программой, которая это видит. Та же GPU-Z. Если не в 16x - проблема с картами. Если в 16x - пункт 2.
2. Проверить керамику по линиям данных возле слота (сколы, утечка), сам разъем на чистоту и замятость контактов.
3. Смотреть в сторону моста или пользоваться, как есть, пока и второй слот не отвалится.