Почту в личку. CLK. Осциллограф есть? Если да, то

Почту в личку.
CLK. Осциллограф есть? Если да, то им посмотреть, что на JP28. А заодно и на шине LPC, что там твориться. Ну и сам PCI_RST# - что на нем происходит.
Вы не отчитались по питающим напряжениям и генерации на кварцах. Мало ли что.