Ну, взять программулину, заведомо умеющую ставить аларм (их

Ну, взять программулину, заведомо умеющую ставить аларм (их я видел), софтайс (или windbg), поставить BPIO на порты CMOS и посмотреть что куда пишется...
Да и че-то усложняю я. Как насчет банально дампы CMOS посравнивать?

Алгоритм хеширования пароля в 4.51 отличается от 6.0, уверен на 90%. Но исходники за Вас курить не буду:)) Мне лично этот вопрос неинтересен.

Алгаритм генерации хеша пароля сохраняемого в CMOS (Award 6.00 pg)