В принципе, поведение характерное при перегрузке зарядника или

В принципе, поведение характерное при перегрузке зарядника или при его неполной работоспособности (усохшие конденсаторы, например). Т.к. зарядники менялись, проблему с ними, на время, можно исключить. И проблему с КЗ по входному питанию - тоже, иначе такое поведение было бы и без АКБ.
Остается большой ток зарядки при сильно разряженном АКБ. Потому про мелочь вокруг ШИМа и спросил.
В замененном контроллере и транзисторной сборке уверены? Ну небывает чудес.