Именно так. Пока писал это сообщение, решил

Цитата:
т.е встроенный х64 и на флешке х64, а стартует только встроенный? а уже из стартовавшего встроенного стартует все что угодно и с флешки?

Именно так.

Пока писал это сообщение, решил посмотреть ещё раз. И обнаружил, что, похоже, всё-таки, shell с флешки запускается, только он неотличим от встроенного. Точнее есть одно отличие: при выводе ответа на команду "ver" встроенный выводит дополнительную строку "EFI Build Version".
Также если два раза ввести "exit", то в итоге загрузится следующее после shell'ов загрузочное устройство. То бишь по разным shell'ам он всё-таки прыгает.
Попробовал, получилось и приложение с флешки запустить вместо shell'а.

В общем-то, глюки какие-то, потому что точно помню, что при попытке загрузки shell'а с флешки всё зависало. И приложения тоже. А сейчас работает...