Возможно, для Вас будет откровением, но на

Цитата:
Причем образ начинает работать, то есть противоречий с crc, подсчитанной от 32Кб нет

Возможно, для Вас будет откровением, но на куче матерей c ширпотребовским Award/AMI main BIOS не проверяет CRC addon BIOSов.:)))
Ткните в приличный сервер, или в Супермикру какую.

Цитата:
Вопрос: это особенность ПЛИС платы PCI-E?

Заявлять на PCI размер OpROM - если у Вас нет "инструментов" (а если Вы пишете ТОЛЬКО ВIOS, то у Вас их и нет), тогда - FPGAшников трясите. Т.е. это особенность не самой FPGA, а ее прошивки.

P.S. Честно говоря - я без понятия, почему различается. Прошивка FPGA по идее вообще может не отличаться для mini в части шины. А может и вообще не отличаться. Ну, разве что Device ID.

P.P.S. Ох, зря я Вам советую... Чую-чую...:))