Вы про это не писали. Нечему в

Цитата:
следствие -> перестали греться usb порты (именно их корпуса)

Вы про это не писали. Нечему в них греться, если они целы. Греть их может что-либо, стоящее рядом (или с обратной стороны платы).
Обведенные диоды, вобщем-то и должны греться, через них питание идет на весь аппарат. Вопрос - насколько? Сопротивление относительно земли, напряжение на катодах смотрели?
А вообще бы, если идет перегрев процессора (по-настоящему, а не по показаниям операционки или датчика), логично было бы систему охлаждения проверить, может банально термотрубка сдохла.