Вообще-то я когда про PCI видеокарту писал, имелось

Вообще-то я когда про PCI видеокарту писал, имелось ввиду есть изображение или нет. Видимо, нет. С другой PCI-Express картой тоже не проверяли, а так же шину не прозванивали.
По идее, ЮМ и должен греться, не так просто многие производители радиаторы туда ставят. А терпит палец или нет - у каждого человека свои понятия. Просто не вижу связи между неработоспособностью PCI-Express16 и ЮМ. Я бы повнимательней присмотрелся к СМ и его бы протестировал.
P.S. Ну и проверка питающих напряжений на ВСЕЙ плате, само собой. И их озвучивание.