Не грузится, до boot сектора дело не доходит,

Не грузится, до boot сектора дело не доходит, даже если на другом компе окна установлены, я не думаю что msdos.sys чем то между компами отличается :). Тут проблема на аппаратном уровне именно в материнке, и проблема проявляется имено после прохождения BIOS и загрузкой любой операционной системы.