Что касается JDM- не понимаю зачем включать стабилизатор

Что касается JDM- не понимаю зачем включать стабилизатор на 12В после ключа? Это не правильно, переходный процесс на выходе 7812 при программировании может приводить к сбоям записи пиков. Нужно включить ключ уже после стабилизатора. VR3 включить после VR4, т.к. 5-вольтовый на пределе (почему он у вас еще не сгорел). Либо после VR1, а VR4 вообще выкинуть, а то городьба получилась с кренками.

И еще, пока не смотрел как там с пиками, а для авров вполне можно выкинуть и ЛА3. В понипроге все сигналы настраиваются на инверсию.
Если уж буферизировать- то буферизировать ВСЕ сигналы. Я предусмотрел ALS244 под это дело
Стабилизаторы не рассчитаны на импульсное применение, переходный процесс влияет на время установления напряжения на выходе, а не на просадку. Не могу сейчас ответить достоверной информацией, посмотрл в даташитах- там этот вопрос не освещается к сожалению, а перелопачивать все справочники нет времени. Во время установления присутствует и выброс напряжения. Никто в программаторах никогда не применяет такое включение. Ключ всегда ставится после застабилизированного источника, причем на входе ключа рекомендую поставить танталл не менее 10-30мкФ, это сгладит ипульсные провалы. На выходе можно поставить 1000пФ. Уж поверьте, программаторами занимаюсь много лет. На выходах стабилизаторов- аналогично. Если нету таких- аллюминиевые хотя бы по 25-100мкФ.

Посмотрите как у вас включен VR4. Думаете без блокировочных емкостей изобрести новое в схемотехнике 78хх? Я много лет применяю "кренки" и насмотрелся уже достаточно фокусов от того как они иногда "заводятся", т.что можно получить и не 12.5В на выходе, а все что есть с моста. Конденсаторы НЕОБХОДИМЫ. Конечно, придется при этом переместить стабилизатор, т.к. иначе импулься будут завалены.

Еще- я бы не стал включать 7805 на 15В входных. У буржуев, оно гарантируется 20-35В в зависимости от производителя, а вот наши ЕН5 уже на пределе. Вы говорите, что с выхода моста получаете 15В, т.о. для 12В стабилизаторов падение напряжения тоже на пределе. При любой нагрузке вы выходите за пределы их стабилизации.