1. Можно попробовать, но штатно фазы отключаются

1. Можно попробовать, но штатно фазы отключаются по порядку, т.е. штатно возможны варианты - (1-2-3), (1-2), (1). Если просто отключить транзисторы второй фазы, то ШИМ будет считать, что он работает в трехфазном варианте.
2. Без всех силовых трназисторов стабилизатора питания процессора включать можно. Ничего дополнительно запаивать не нужно.
3. -->

P.S. В проблемной фазе желательно проверить выходы драйвера - измерить сопротивление между выходами драйвера и выводами PVCCx, GND, BOOTx, PHASEx.