Также большая часть функциональности чипсета программируется через блоки

Также большая часть функциональности чипсета программируется через блоки регистров, относящиеся к некому базовому адресу.
Например:
Root-регистры (база Root Complex Base Address) - огромное количество низкоуровневых настроек чипсета (смотрите даташиты на южный мосты, как пример ICH7)
MCHBAR - регистры конфигурирования памяти и контроллера памяти (правда подробного описания регистров относительно этой базы не встречал)
и многие другие....

Работа с чипсетом