Umeletz, думаю стоило начать с прозвонки D-,

Umeletz, думаю стоило начать с прозвонки D-, D+ портов USB и проверки их напряжения питания... ну, что сделано - то сделано.
Если возможность есть, снять бы флешку и поставить кроватку сразу. На программаторе зашить BIOS, попутно тем самым проверив эту флеху на исправность.
Если проблемы с мостом есть, то вероятно поэтому и не получилось прошить...