Либо флешка, либо BIOS, либо их взаимодействие. Флешка

Либо флешка, либо BIOS, либо их взаимодействие. Флешка - в плане кривости логического разбиения, целостности Boot/MBR. BIOS - кривость поддержки Mass Storage (хотя вряд ли - она стандартна). При условии, что флешка вылазит вверх в порядке загрузки.
Покопайтесь в Advanced -> Removable Device Priority и HDD Priority.