Можно пойти простым путем и попробовать измерить сопротивление

Можно пойти простым путем и попробовать измерить сопротивление всех линий PCI-E. Их там 64 штуки, 32 на прием и 32 на передачу, наверняка хотя бы одна будет "звониться" в бесконечность. Прозвонить можно на самом разъеме с обратной стороны платы, но это только 32 линии на прием, линии передачи можно прозвонить на керамике которая стоит вдоль разъема PCI-E.

Foxconn WinFast 6150K8MA-8KRS не работает PCI-E