На данной плате стоит флешка с LPC интерфейсом,

На данной плате стоит флешка с LPC интерфейсом, если я не ошибаюсь.
Pm39LV040 имеет параллельный интерфейс, да еще и низковольтный.
В таком варианте все правильно - флешка читаться не будет, даже если она жива.
Самый простой и надежный путь - найти/собрать программатор, который способен работать с такими флешками, т.к. вы будете долго искать матплату для hotswap'а:).