на BX98-3D есть набор контактов для того,

Цитата:
перевести можно. в простейшем случае установкой usb карты

на BX98-3D есть набор контактов для того, чтобы к ним можно было подсоединить т.н. USB-выкидыш. Правда возникает проблема - стандарта на расположение контактов на матери нету и тут могут быть варианты, а при установке наоборот могут быть серьезные проблемы (можно что-либо пожечь). Поэтому действительно проще установить USB-контроллер отдельной карточкой.

Цитата:
Динамик издает звук (при включении ПК) как при залепании клавиш клавиатуры, которая естественно не работает

что за COM-клавиатура? Или PS/2 или AT. В данном случае - скорее всего AT (разъем как у старых советских наушников). А что мешает заменить клавиатуру? Тем более, что для них есть переходники PS/2<->AT и AT<->PS/2, так что современную клавиатуру можно подключить к такому старому железу.