Имелось в виду - пробовали прошивать микросхемы с

Имелось в виду - пробовали прошивать микросхемы с интерфейсами LPC/FWH отличные от SST49LF003A?


Залить в другую флешку - пожалуйста, но где вы найдете еще 3-мегабитки (с 4-мегабитками как поведет себя мать - не знаю). А почему просто не воспользоваться hotswap'ом на подходящей матери?
В willem'е можно еще подкорректировать некоторые временные параметры, иногда это помагает. Кроме этого существуют рекомендации по доработке willem'а, в частности подтягивающие резисторы на SELIN и AUTO. Общая рекомендация - использовать качественный LPT-удлинитель или подключать непосредственно к компу.