Однако, озадачил... Первое, что приходит на

Однако, озадачил...
Первое, что приходит на ум, так это то же, что и тебе - перегрев чего-нибудь: на процессор и чип видяхи непохоже, может память (общая или видео)? Хотя, память должна была бы начать сыпать ошибками и в итоге выкинуть в BSOD...

А вот второе... Очень похожая ситуация может быть, если часть Kernel'а или ключевых библиотек по каким-то причинам выносится в PageFile, а в связи с загрузкой системы достается оттуда очень медленно (как в том анекдоте про плавно гаснущий свет в театре - это электрик медленно розетку из сети вытаскивает ). Стоит попробовать оптимизировать Мастдая чем-то вроде Xteq X-setup или TweakNow на предмет того, что должно в данном режиме резидентно торчать в памяти, может здесь собака порылась...
Больше пока идей никаких, будем думу думать...