ОС windows 2000 SERVER как и 2003 устанавливал на чистый винт без ОС. Все устанавливалось нормально. Диски официальные от Microsoft.

2K вроде ж еще не загрузочные были?

Что есть то есть, на работе нашел старые диски с windows 2000 SERVER и 2003 решил ради интереса установить посмотреть различия. Хотя насчет официальности 2000 точно не помню, но вот 2003 был на офиц. диске. с переливающейся гравировкой Microsoft Windows Server 2003.

Это лишь в случае если хард позволяет так сделать, в большинстве случаев, клиентов, которых я видел, ембеддед стоял на флэшках размером от 128МБ до 256МБ, при таких условиях хрен вы установите ембед на такой хард *обычным* способом.Именно в таких случаях система конфигурируетса на нормальном компе - т.е. весь пребилд делаем на компе в *картинку* со всеми драйвереами,софтом итд, как сделали заливаем образ на флэшину и готово.Для этого надо точно знать железо, что бы с драйверами косяков не было. На нектором железе работают драйвера от мелкомягких, на нектором не работают, надо пробовать.

Да, точно - CE и Embedded собираются конструктором в образ. Конструктор для Embedded есть в Visual Studio 2008, для CE был отдельный Platfom Builder.
2K - из DOS или из NT4.0/98 типа апдейтом.

Но POSReady - она ж вроде уже полуфабрикат, почти готовая. Почему бы не почитать производителя?
http://msdn.microsoft.com/en-US/library/dd458819(v=WinEmbedded.20).aspx

Конфигурацию пк можно?

Незабываем что ДОС и ДОС промт разные вещи.
и распределение памяти в нем - первые 640КБ, верхняя, нижняя, емм386, хаймем итд - возможно в этом трабла