S30D40C - сборка на 40 вольт. Причина выхода из строя - в выбросах напряжения на диодах с амплитудой, увеличивающейся при работе БП под нагрузкой. Очень хорошо видно осциллографом. А при малейшем превышении допустимого обратного напряжения диоды шотки получают необратимый пробой.
Ставьте в канал +12В сборки на напряжение не менее 80 вольт.

Ну неспроста же в оригинале стоит сборка на 200 вольт(!)...
На каких микросхемах построен рабочий БП? Для однотактного блока, например, достаточно вдвое меньшего напряжения.
Также он может быть построен по такой схеме, когда обмотка +12В выведена отдельно, и ее "общий" вывод подключен к +5В (см. схему Suny ATX-230)- тогда напряжение на диодах канала +12В становится сильно меньше, что и облегчает выбор сборки из более низковольтных.

Т.е Вы хотите сказать, что взяли два одинаковых БП, в одном сборка канала +12В на 200 вольт, а во втором - на 40?
И я уже начал сомневаться, достаточно ли 80 вольт, т.к. в очень многих схемах диоды в этом канале - на 200 вольт.

В этом плече и 80 вольт маловато будет. По осциллографу амплитуда выбросов на 12 вольтовой обмотке под 120V бывает, впрочем это от нагрузки зависит. В БП Golden Power 350W (схема JNC LC-B250ATX) вместо 200-вольтовой спарки "быстрых" диодов F16C20 на 16А, я ставил Шотку 60CPQ150 (60А, 150V, корпус 247) - второй год пашет уже и не греется совсем. Но относительно дорого, и на плате контактные площадки под широкий корпус должны быть разведены.

А самое интересное - это то, как реализован выпрямитель на 12в,
т.е. использует он выход +5в в качестве вольтодобавки или нет.
От этого и надо плясать !
если да , то хватит Шоттки и на 45 вольт,
ибо конструкторы не дураки и делают так потому, что 40вольтовые сборки дешевле , а значит и БП дешевле.
А если нет тогда будет - как минимум размах напр. на входе выпрямителя , а это 30*2=60в.
плюс запас на всякие выбросы и вообще для надёжности, значит 80в или больше !