1. Проверка ЮМ - как проверять отличные от Intel (SiS, nvidia) - также прозвонкой USB ?

Их не настолько часто пробивает по USВ, но скажем тот же nForce при непонятной симптоматике можно погреть и если после этого маман завелась, то усё мост умер(ну ещё скоко-то проработат, а потом всё только замена).
Скажем у мостов SiS или VIA включением занимается ЮМ, так вот если траблы с включением, то отслеживают цепь и смотрят всё ли живо, если да тогда обычно меняют мост(если есть чем и смотрят результат)

2. При прозвонке USB - ставлю минус на массу (кожух юсб, звуковой ...) плюс на дата выводы юсб - какое значение должно отображаться? (в режиме прозвонки / в режиме Омметра)
2.1 при КЗ - это 0 (+-001) - если омметром измерять до скольки Ом считать КЗ?
2.2 а если 560? (т.е. звук не стихает) - ? как рассматривать эту ситуацию?
если омметром измерять то это около 600 Ом

Да, минус он везде один, хоть на минус любого понравившегося конденсатора, да ещё имеет смысл смотреть сопротивление линии +5V, и не коротят ли дата линии между собой, насчёт нормального сопротивления оно немного варьируется от платы к плате, так что тут по опыту(иногда бывает одна из дата линий имеет явно более низкое сопротивление чем другие, при этом сохраняется полная работоспособность ЮМ)
Щас специально отзвонил порты на живой материнке с ЮМ ICH5 так вот падение напряжения там около 600мВ плюс-минус 10мВ от порта к порту(абсолютно некритично, я ремонтировал плату у которой на одном из портов падение напряжения даталиний были меньше на 100мВ относительно остальных, при этом плата полностью работоспособна)

3.1 Батарейку проверяют не вытаскивая из материнки, чем это обусловлено?

Иногда вытащенная батарейка выдаёт положеные 3V, а вставленная в материнку скажем всего 2.5V

PWR_ON - ?

Зависит от схемы включения, может быть 5V, а может быть 3,3V, тоже и с ресетом, тут рекомендуется отслеживать схему

напряжения полевиков на ЮМ, память, агп... от чего зависят? есть ли стандартные значения?

Для памяти всё одинаково, ну т.е. для конкретного типа - у DDRI - всегда опорное напряжение 2.5V(там может только напряжение питания SPD модуля варьироваться), да и вообще на все слоты подаются одинаковые напряжения вне зависимости от материнской платы(распиновка есть на pinouts.ru, там как правило и указано сколько должно быть на каком выводе)
Для ЮМ и СМ можете померять на здоровой плате, а можете просто отследить схему, со временем когда опыта наберётесь сможете легко понимать что для чего предназначено, или скачайте даташит на мост и посмотрите какие напряжения должны подаваться на мост, а какие у вас выдают полевики

Как определить вздутые конденсаторы?

Бывает пухнут вниз, но это обычно к мелким относится, там просто крышка невздуваемая :), для конденсаторов в импульсных цепях помимо ёмкости ключевое значение играет ESR - в первую очередь оно и должно быть в норме, кстати у некоторых производителей внизу какая-то подкладка есть, так что конденсатор садится на неё, а не на корпус, примером является Nichicon(иногда из-за того что конденсатор неплотно прилегает к материнской плате кажется что конденсатор вспучен вниз)

у DDRI - всегда опорное напряжение 2.5V

Вообще-то часто бывает и 2.6В... И не опорное, а питающее.

Вообще - напряжения стабилизаторов зависят от того, что конкретно от них питается, "стандарты" же оговариваются в даташитах/спецификациях, и не на все компоненты их можно найти - так, на мосты документации в общем случае нет (не считая "утекших" NDA док). Т.е. - шины/слоты имеют некий набор "стандартных" питающих напряжений (причем - еще учитывать ревизию, так, AGP2x - буфферные цепи питаются 3.3В, AGP4x - 1.5В), а вот для каждого типа моста - свой перечень питающих источников, либо устанавливаемый по "утекшим" схемам/даташитам, либо - по результатам измерений живой платы, либо - "на глаз" (т.к. "полудохлые" стабилизаторы обычно редкое явление).

Вообще-то часто бывает и 2.6В... И не опорное, а питающее.

По стандартам 2.5V, а на платах да встречается частенько 2.6V, просто уже и так много вчера напечатал и что-то не упустить я просто не мог...