Технически - да.
Многие блоки это позволяют, но в некоторых случаях напряжение в +5 так возрастает, что срабатывает защита. В других случаях проседает +12, что начинают появляться бэды на винчестере.

В смысле? Если имеется ввиду физическое соединение между собой "масс" двух молексов, от которых вы взяли два питания +12В (да и одного достаточно было бы), то не нужно.

Самой простой способ узнать - прозвонить все 12-и вольтовые жилы всех разъёмов. В случае наличия "отдельных" источников одна часть будет успешно звониться между собой, другая часть - соответственно между своих. Если вскроете БП, то будет видно, что все жилы желтого цвета распаяны от одного источника. Позволю привести цитату из некогда мною уважаемого журнала Upgrade: "Основное отличие нового стандарта в том, что теперь в блоке питания предусмотрены сразу две шины +12 В. Связано это с тем, что увеличить нагрузочный ток по одной шине выше 20 А нельзя - по требованиям стандартов безопасности мощность цепей, к которым есть открытый доступ для оператора, не должна превышать 240 В-А (12 Вх20 А). При этом заметно уменьшились максимальные нагрузочные токи по шинам +3,3 и +5 В (до полутора раз по сравнению с блоками ATX12V 1.1 той же мощности)."

Шина одна. Но сам провод имеет сопротивление и не может пропустить через себя большой ток. Поэтому и делают много веревочек.

Насколько я помню спецификации, разделения шин +12V у ATX v<=2.1 не было вообще: она появилась только когда мощность по каждой шине, доступная пользователю, стала слишком уж большой (250W, кажется). Значит, можно не ожидать проблем с этой стороны. Самый простой способ подать дополнительное питание процессора - это вынуть один контакт (12V) из разъема типа 171822-4 (FDD) и надеть его непосредственно плюсовой контакт гнезда 39-01-2040 (P4 Power). "Землянных" контактов хватит просто из запасов 39-01-2200 (ATX Power 20).
Как пишет производитель, каждый из них выдерживает до 11А, что почти наверняка больше требуемой мощности. Главная опасность, помимо возможности механических проблем (соскочит врядли, садится с заметным натягом, а вот то что он открыт...) - это если на плате плюсовые контакты не соединены между собой (например, у "второго топора" XBX2 что-то подобное наблюдается во старшей половине 8-ми контактого разъема).

Перекос напряжений при подобной доработке связан обычно не с трансформатором, а с диодами. Поэтому первым делом надо посмотреть какая диодная сборка стоит по выходу +12В. Если стоит 2 дискретных диода, припаянных к железке.
Это FR302 - 2 3х амперных быстрых диода, может отдавать макс. 4,5А. Надо выпаять это изделие и поставить сборку диодов Шоттки, высоковольтную, не ниже 100В (диоды шоттки, взятые из канала 5В бп АТХ не годятся, они 40-45В!), надо наподобие MBR20100CT, 20В, 100А. Можно поставить сборку быстрых диодов, например BYW51. Еще неплохой вариант - советские диоды КД213 (они 10А, 2 шт полумостом 15А - вполне достаточно). Они тоже замечательно работают, правда их сложно крепить к радиатору. Внешне похожие на них и более мощные советские КД2999-2997 (20 и 30 А) использовать нежелательно: у них более высокое падение напряжения, что увеличивает перекос каналов +5/+12В.
Сам же разъем P4 можно изготовить из ненужного 20-пинового коннектора от БП АТХ. Паять провода лучше непосредственно на плату БП. Переделанный таким образом БП Codegen 250W, запросто питал системный блок i865+Cel D 2.8 GHz+HDD 40Gb+DVD_ROM.
Можно как уже советовали - вытащить 12В провод из коннектора 3.5" FDD и использовать его.