а что вам мешает снять межплатный шлейф и не подключить питание к второму ядру? попробуите, отпишитесь.

Может как вариант, зашить биос с минимальными частотами, греться оно должно поменьше стать.

Если плата "бутерброд, то ИМХО сделать ни чего не получится (как то раз пробовал отключить одну половиу, долго провозился но так ни чего и не вышло, пришлось искать такого же донора, но с исправной "пловинкой").

да можно отключить, только нодо подумать как. и на уровне bios точно можно

ну так подумайте как, и сделайте, раз это по вашему-же - "точно можно".
пока, как видите, никому нормальному это в голову раньше не приходило. не надо было.

Для 9800GX2 плата та которая "дополнительная" (без разьема PCI) я вляется основной. А та которая с разьемом соответствено является дополнительной. Видюха может спокойно работать без биоса на дополнительной карте (проверено) единственое драйвера не установятся. Как вариант просто поменять биосы местами. Но может непонравится чтонить мосту (тот который на видюхе) вот тут нада брать его биос и смотреть.

биосы менять местами конечно не надо. (бесполезно это) там ещё третий биос есть, вот в нём и секрет.
перемычками подключать шину pci-e к первой (DVI 1)? застрелиться.