Контактная площадка отсутствующего резистора соединена со стабилизатором, на плате обозначен как Q1 на нем написано 1085cd(я так понимаю этовсе-таки просто мощный транзистор?). Дальше монтаж уходит в плату и не понятно что к чему, но его центральная площадка соединена с одним из контактов от CLEAR CMOS.

Что интересно мать без процессора выдает "сирену". Мне казалось, что без камня она и не должна издавать ни каких звуков.

Смотрим на Q1 сверху, выводами к себе.
Левый вывод контачит с R1 и R2. Второй вывод R1 уходит внутрь монтажа неизвестно куда. Второй выод R2 соединен со средней контактной площадкой к которой, собственно, и припаян Q1.От этой самой средней контактной площадки идет проводник на CLERAR CMOS на его 3-ий контакт, который служит для обнуления CMOSа и в рабочем режиме мамы остается открытым.
Правый вывод Q1 соединен с каким-то кондером и опять же уходит внутрь платы.

При поданном питании на левом 3.98В, на среднем 3.98В, на правом 4.96В

Джампер стоит правильно. Я ошибся средний вывод оказывается уходит в плату рядом c GND CLERAR SMOS, а не на него. Дальше вроде куда-то под батарейку, но может и не так, тут пол платы звонится как короткозамкнутая, а по монтажу проследить не всегда возможно.