Обычно контакты USB не подключают напрямую к контроллёру,

Обычно контакты USB не подключают напрямую к контроллёру, а подключают через всякого рода предохранители, индуктивности и т.д. Обезательно отзвоните цепь от разьёма до контроллера, а потом уже думайте о замене МС.