Это широтно-импульсный источник питания... Напряжения на выводах ключей

Это широтно-импульсный источник питания... Напряжения на выводах ключей ничего Вам не скажут.
К примеру, на UGATE будут S=~vCPU D=+12V, на LGATE соответственно S=0 D=~vCPU.

Без осциллографа правильность работы ШИМ не проверить.
Остается только менять и надеяться, что причина не в обвязке оного...

P.S. Да, на именно такой же плате.