а какую роль выполняет LM339 на отдельной

>а какую роль выполняет LM339 на отдельной платке и на основной?

Компаратор. Сравнивает напряжения по входам.
Т.е., то что, что на выходе блока, с тем, что задано стабилизированной цепью. Даташит посмотрите.

>Поставил другой дроссель.

Опишите, какой был старый дроссель (сколько линий, сколько витков по -12V), и какой новый.

БП "ДВК" отключается при старте Windows (решено)