К сожалению плохо знаю схемотехнику мат.плат, большое

2 Dioxin.
1. Чаще всего у транзисторов пробивается затвор, что элементарно вылавливается цифровым тестером на омах. И выпаивать транзистор нет необходимости. Как раз и не нужно, чтобы что-то открывалось.
2. Если конденсаторы не "треснули", то ниболее вероятно, что они целые.

3. Кроме Vcore позвони еще Vagp, Vram, Vramtt на предмет выяснения битости MCH, хотя были случаи пробоев чипсета только по Vcore
4. А процессор-то жив остался ? Если сгорел, то чипсет тоже дохлый. 12V вместо 1.5V даже на несколько миллисекунд - это не шутки.. #-o
Как только избавишься от короткого - можно переходить к поиску проблемных драйверов. Однозначно менять тот, к которому был подключен сгоревший транзистор. Остальные вылавливать осцилографом по форме сигнала на затворах транзисторов.