Делаем директорию:
\EFI\BOOT\
Копируем туда EFI файл, который хотим загрузить, переименовываем его так чтобы он был таким:
{machine type short-name}.EFI
{machine type short-name}.EFI это:
Для 32-bit платформ - BOOTIA32.EFI
Для 64-bit платформ - BOOTx64.EFI
Для Itanium architecture - BOOTIA64.EFI
Например, имеем 64-bit платформу, хотим загрузится с USB флеш в EFI shell. Берем файл Shellx64.efi и переименовываем его в BOOTx64.EFI.
На USB флешке он будет в директории:
\EFI\BOOT\BOOTx64.EFI
Это всё.

P.S. Была опечатка - исправил директорию.
Именно так.
Пока писал это сообщение, решил посмотреть ещё раз. И обнаружил, что, похоже, всё-таки, shell с флешки запускается, только он неотличим от встроенного. Точнее есть одно отличие: при выводе ответа на команду "ver" встроенный выводит дополнительную строку "EFI Build Version".
Также если два раза ввести "exit", то в итоге загрузится следующее после shell'ов загрузочное устройство. То бишь по разным shell'ам он всё-таки прыгает.
Попробовал, получилось и приложение с флешки запустить вместо shell'а.
В общем-то, глюки какие-то, потому что точно помню, что при попытке загрузки shell'а с флешки всё зависало. И приложения тоже. А сейчас работает...
Подскажите что делать дальше?Какую команду прописать?
Если не сложно выручите!(
А какой результат Вы, собственно, хотите получить? Просто "что-нибудь сделать"? ;-)