Насколько помню, автоматически - если соответствующая галочка в интерфейсе программы поставлена. Вы об этом ни слова не сказали.
Про какую "софтверную задачку" вы твердите - все равно не понял.

Про верификацию в автомате я сам только на днях узнал. Стал делать ее вручную и понял - что программа это и так выполняла сама.
А задачка собственно такая:
Имеем программатор MiniPro TL866CS, и его родной софт.
Имеем дамп биоса, размером 81кб.
Если этот дамп открыть софтом программатора, и тут же сохранить на диск - получается 128кб.
Как я понял, программа забивает "хвост" (все, что больше 81кб) FF FF FF...
И слитый с тех же флешек дамп тоже при сохранении размером 128кб. Хотя при сохранении того же дампа в виндузе, при помощи GPU-Z, дамп тоже весил 81кб, как и официальная прошивка.
Теперь получается я заливаю даже старый дамп, слитый с флешек до перепрошивки (но ставший 128кб) обратно на флешки, видюха более не стартует.
Тут либо настойки проги какие надо менять, либо руки кривые... но в любом случае, мне нужно вопрос решить. По этому прошу посильной помощи в виде подсказок.

Могу в третий раз спросить - "в чем состоит ваша софтверная задачка"?
Вам выше уже все объяснили. Если вы и дальше будете сравнивать ужа и ежа - у вас так и будут возникать непосильные "задачи".
Что мешает взять рабочую карту, слить образ программатором и уж потом сравнивать, что у вас и куда пишется и дописывается?
У вас странное понятие о дампе. Дамп - полное содержимое всего объема флеши. Обычно - программатором.
Поэтому сравнивать то, что сливается утилитами с тем, что сливается программатором, не зная расположения этого куска в дампе - не имеет смысла. Точно так же как и полагаться на то, что "дополнено автоматически", не будучи уверенным что дополнено верно.

gitas, на верификацию в программаторе я бы не стал сильно рассчитывать.
Запишите, прочитайте и сравните. Вам же не вручную каждый байт надо сравнивать, для этого есть программы соответствующие (пример я дал выше).

PS. Сохранить option ROM с карт расширения часто можно и с помощью uniflash.