Этот синтезатор тактует т.н. I/O контроллер как раз

Этот синтезатор тактует т.н. I/O контроллер как раз те самые "флоп и порты" 48МГц со своего делителя, или со второго кварца 48МГц где-то около портов. По моему проблема именно с частотой тактования микросхемы порта. Попробуй проверить.