Наверное около порта USB стоит защитный стабилитрон и

Наверное около порта USB стоит защитный стабилитрон и он пробился. Если конечно механически контакты не замкныты, например у вас все еще планка неправильно подключена. Само снятие питания с разьема USB ни на что другое влиять не должно.