На некотором этапе использования SPIpgm забыл одну

Цитата:
микросхема БИОСа была дохлая

На некотором этапе использования SPIpgm забыл одну команду и начал массово забраковывать флешки. А забыл я команду разблокировки :( Благо, не выкидывал их сразу. Может быть у вас флешка "сдохла" подобным образом?
Цитата:
генерации на выводах 2 и 6

Обычно на 2 и 5 смотрю.
Цитата:
стоит резистор 2 Мом. Он не звонится.

Мультиметры обычно "звенят" при сопротивлении около 30 Ом или меньше. Точнее - документация к мультиметру или вычислять экспериментально. А если без приколов - у меня дешёвый мультиметр тож много чего не хотел, хотя должен был, по идее.
Цитата:
На кварце осциллограф ничего не показывает, но это может быть, генерация просто срывается.

Щуп с делителем (1:10) рулит, закрытый вход и чувствительность поболее. Если нет щупа - 10МОм резистор, думаю, поможет.