Недавно был похожий случай: на какой-то древней матери

Недавно был похожий случай: на какой-то древней матери не шился нормально биос с аналогичными вашим симптомами.
Прошился ТОЛЬКО древним авардфлешером, шедшим в комплекте с родной прошивкой.

Выводы которые сделаны лично для себя:
1. Флешки сами по себе бывают дохлые ОЧЕНЬ редко.
2. Универсального софта для прошивки на материнках нет. :(