Возможных причин такого поведения две: 1. деградация моста NF4 2.

Возможных причин такого поведения две:
1. деградация моста NF4
2. кто-то из бортовых PCI-девасов душит шину.

Я бы начал с удаления контроллера IEE1394, вещь в хозяйстве бесполезная ( за редким исключением), а дохнет о-о-о-чень часто!
На втором месте сетевуха ( маму эту не пмоню, но наверняка Marvell ). Silicon Image в такой подлянке подозревать думаю не стоит - они в этом не замечены.