Ну чисто из ваших экспериментов похоже на несовместимость

Ну чисто из ваших экспериментов похоже на несовместимость PCIe 1.0 с видеокартами PCIe2.0, также возможен вариант выпендрёжей со стороны чипсета(хотя не сильно на это похоже)

Как вариант можете попытаться прошить биос возможно поможет...

Проблема с видео картами