Если проблемы возникли и с PCI, и с

Если проблемы возникли и с PCI, и с PCI-Express - ИМХО высокая вероятность, что источник проблем таки за пределами моста. К примеру, какой-то из стабилизаторов, тот же 3.3V, просел по каким-либо причинам. Это, ессно, при условии, что плата таки стартует, а не стопорится на тесте памяти/бутблоке (нередко мать может определять наличие памяти даже при проблемах с обращением к ней, но при распаковке биоса вылазит ошибка - и, соответственно, мать радостно пищит о ошибке CRC и ждет пока ей скормят новый биос).
В общем, проведите диагностику для начала.